По преданию, основатель монастыря, старец Рафаил, в начале ноября 1645 года возвращался с двумя послушниками в Тобольск после, как ему казалось, неудавшейся экспедиции по поиску места для строительства форпоста православной веры на южных рубежах обширной Сибирской епархии. Путь их лежал по реке Исеть. В месте впадения в Исеть небольшой речушки (впоследствии ее назовут Ялынка) лодка старца остановилась и, несмотря на усилия гребцов, не двигалась с места. Старец, воззрев на небо, стал возносить молитву и на высоком берегу увидел Царицу Небесную, Которая приказала остановиться здесь и основать обитель в честь Святой Живоначальной Троицы. Существует мнение, что пришел Рафаил, на высокий берег местной речки Ялынки из Далматова монастыря, но версия эта весьма сомнительна.

Основанный старцем Рафаилом монастырь так и стал называться Рафаиловский Троицкий. Он был хорошо известен не только в пределах Сибирской епархии, но и во всей России, и за ее пределами. Монастырь просуществовал до 1840 г., когда за неимением необходимого числа братии был упразднен, и монастырский комплекс стал сельским приходом. В 1657 году пустынь переросла в большой мужской монастырь во имя Живоначальной Троицы. Знаменитая на всю округу красивая каменная церковь с четырьмя престолами имела звонницу в сорок саженей (85 метров), стояла на берегу реки, на пригорке. В 1740-х годах при монастыре была основана школа церковной грамотности митрополитом Антонием (Нарожницким), в которой в 1748 году было семь учащихся. В школе преподавались чтение, письмо и катехизис.

Монастырь, как и повсеместно, строился из дерева. Однако беспощадным врагом деревянного строительства был огонь. Горел и Рафаилов монастырь. Вот одно из сохранившихся в архивах свидетельств: «О пожаре в келарне Рафаиловского Троицкого монастыря в Ялуторовском округе и предписании братии обители в устранении праздности, чтения псалмов, «спать умеренно, табаку и чесноку не иметь». Единственным эффективным средством борьбы с огнем было каменное строительство. И в 1761 году, по инициативе купца Василия Познякова, начинает строиться каменный монастырь. Сначала Позняков построил кирпичный дом, который предназначался как для проживания купца с семьей, так и для размещения в нем лавки. Но по окончании стройки этот дом купец отдал под школу для детей церковнослужителей. Так в качестве школы просуществовало это здание до сороковых годов двадцатого века. Это единственное здание монастыря, сохранившееся до настоящего времени. В 1769 году в монастыре был построен храм с четырьмя престолами: во имя Святой Троицы, в честь Усекновения главы Иоанна Крестителя, в честь Казанской иконы Божией Матери, в честь Покрова Пресвятой Богородицы.

В 1777 году Василий Позняков умирает, не оставив средств на дальнейшую постройку. От Настоятеля Рафаиловского монастыря Игумена Маргарита было написано прошение Великому Господину преосвященному Варлааму епископу Тобольскому и Сибирскому на выделение средств на достройку каменного монастыря. Только в сентябре 1783 года церковь все же удалось достроить. До 1804 года Рафаиловым монастырем управлял игумен Андрей: строил и перестраивал здания обители, наставлять братию и возвращал в лоно православной церкви старообрядцев, заполонивших тогда Исетскую провинцию. Затем, по решению архиепископа вместе с братией монастыря переведен в Иоанно-Введенский монастырь, где отказался от настоятельской должности, и ушел в Московский Симонов монастырь. В 1984 году по благословению святейшего Патриарха Московского и Всея Руси Пимена 31 местночтимый сибирский подвижник вошел в Собор Сибирских святых. В 1892 году на месте бывшего Троицкого монастыря была образована Рафаиловская женская община в честь Успения Пресвятой Богородицы, в начале XX века преобразованная в женский Успенский монастырь.

распоряжению ВЦИК и за подписью Дзержинского, монастырь приказано было уничтожить, чтобы «камня на камне не осталось». На протяжении 29 лет монастырь и его святыни планомерно уничтожались советской властью. В 1939 году была снесена колокольня, монастырский храм взрывали дважды, от него остался лишь фундамент. Из церковного кирпича был построено здание райкома партии в селе Исетском. В 1950 году было объявлено о полном исчезновении обители.

В 2007 г. на месте, где старцу Рафаилу явилась Божия Матерь, в память о поруганной и уничтоженной обители был установлен поклонный крест. 22 мая 2010 г. была создана православная религиозная группа, которая взялась за восстановление единственного чудом уцелевшего здания монастыря. Здесь сначала был организован молебный дом, а затем проведен капитальный ремонт с установкой куполов и строительством колокольни. Это здание построил в 1744 г. купец Василий Поздняков и отдал его в распоряжение монастыря для обучения детей грамоте. Он же возвел каменный четырехпрестольный монастырский храм и колокольню, не сохранившиеся до настоящего времени.