История основания Елдятской крепости начинается с 1735 года, из «Топографии Оренбургской» П. И. Рычкова известно, что «Елдятская крепость в Башкирии, от города Уфы 160, а от Оренбурга 493 версты. Она построена, при статском советнике Кирилове в 1735 году… для всяких наблюдений за башкирцами Сибирской дороги, и чтоб требующиеся из Екатеринбурга железные припасы, получая сухим путем, отправлять отсель до города Уфы водою».

Незначительная численность служивых казаков подтверждается архивными сведениями, все казаки служили до тех пор, пока были в силе, состоя на службе никакого содержания от казны не получали, за исключением одного лишь нерегулярного корпуса. Каждый из казаков должен был содержать себя на средства, какие изыскивал от владения землей и угодьями, какие были предоставлены в общее пользование; кроме того, он должен был иметь двух строевых лошадей и вооружение. Позднее в 1748 году создается Оренбургское казачье войско, куда, в том числе, вошли нерегулярные части Елдятской крепости.

Основу их гарнизонов составили солдаты регулярных полков и казаки, которых по мере необходимости власти переводили из других укреплений края. Казачьи команды новых укреплений принимали участие в строительстве укреплений, наряжались на службу в крепости Оренбургской линии, сопровождали обозы с продовольствием и изделиями уральских заводов. Численность казаков постоянно росла за счет естественного прироста.

Первый гарнизон крепости состоял из полуроты солдат и сотни городовых казаков. К концу века население Елдятской увеличилось почти втрое, в крепости насчитывалось около 100 дворов и 600 жителей. Также известно, что в 1768 году по указу Уфимской провинциальной канцелярии казакам был сделан отвод в 24,5 тысячи десятин земли.

Елдятская крепость была захвачена повстанцами в Крестьянской войны 1773–1775 годов. В 1774 году Салават Юлаев отправил в городок 200 человек с целью усмирения волнений казаков во главе с отстраненным атаманом Старковым. Однако уже 25 сентября того же года крепость была освобождена войсками Рылеева.

Согласно «Журналу заседания Комиссии о наделении землей припущенников деревень Седяшевой и Урюшевой Елдяцкой волости Бирского уезда», 1854 года указано: «…земля бывшей Елдяцкой крепости, что ныне село Ельдяк…». Во второй половине XIX века численность села Ельдяк с 1870-х годов и до 1920-х годов сократилось до 400–500 человек при 85 дворах. В 1956–1959 годах жители покинули населенный пункт в связи со строительством Павловского водохранилища, переселившись в близлежащие населенные пункты, в частности, село Атамановка. В 1959–1961 годах часть мыса реки Уфа, на котором располагалось село, оказалось затоплено в ходе наполнения Павловского водохранилища.