В 1686 году монахи Далматова монастыря построили Усть-Уйское поселение в устье реки Уй. Это поселение предшествовало постройке крепости в этом месте. В дальнейшем на территории Зауралья прошли Нижне-Уйская и Исетская пограничные линии, входившие в состав Оренбургской линии, которая протянулась от Волги до Тобола. В состав Нижне-Уйской линии входили четыре крепости, построенные на реке Уй: Троицкая, Каракульская, Крутоярская, Усть-Уйская и Звериноголовская.

На месте поселения Далматова монастыря строится крепость в 1743 году. Вниз по Тоболу основали Кочердыкский и Озерный редуты. В комплексе они составляли Усть-Уйскую дистанцию укрепления.

На холме, называемом «Могильной горой», была возведена крепость, ограждённая рвом, деревянным заплотом с проездными воротами, возле которых стояли пушки. Внутри укрепления находилась вышка, дом атамана, где собирались казаки для принятия важных решений, и улицы казачьих изб. Деревянный храм в селе постройки 1733 года был освящён в 1751 году в честь Казанской иконы Божией Матери. Казаки из Сакмары участвовали в шведском походе Петра I, в турецкой войне 1735–1739 гг., в Семилетней войне с Пруссией 1756—1763 гг., в походах на Хиву, в усмирении бунтовавших башкир. В 1760 году в селе случился большой пожар — почти все деревянные постройки, включая церковь, сгорели. Казаки в это время находились в берлинской экспедиции (шла Семилетняя война), поэтому пожар остановить было некому. Село стали отстраивать заново.

В 1771 году капитан Н. П. Рычков посетил Усть-Уйскую крепость и описал её в своих «Дневных записках путешествия киргиз-кайсацких степей в 1771 г.». Он отметил, что крепость состояла из одной деревянной церкви, около 400 домов обывателей и нескольких казенных зданий для военных и начальников. Гарнизон состоял из одной роты драгун и нескольких сот казаков, башкиров и татар.

До 1917 г. Усть-Уйское было экономическим центром для всех прилегающих русских, украинских, татарских и казахских селений. Оно административно входило в состав Челябинского уезда, а через него проходили пути до Западно-Сибирской железной дороги. В начале XX века купец 1-й гильдии Мартын Кузьмич Краснопеев был крупнейшим предпринимателем Усть-Уйского района, владея паровыми мельницами в станице Усть-Уйское и городе Щучье. Мука-крупчатка высшего сорта из его предприятий отправлялась в Санкт-Петербург, Ростов и за границу.

Сегодня Усть-Уйское — село в Целинном районе Курганской области, расположенное в устье реки Уй при его впадении в Тобол, на границе с Казахстаном. Население села составляет 968 человек (по данным на 2011 год). Усть-Уйское является центром Усть-Уйского сельсовета.