Датой основания крепости Магнитная принято считать 1743 год, когда губернатор Оренбургской губернии Иван Иванович Неплюев принимает решение о строительстве ряда крепостей на границе с киргиз-кайсацкой степью, впоследствии крепость являлась опорным пунктом пограничной и оборонительной линии Оренбуржья. Название своё крепость получила от близлежащей горы Магнитной.

Крепость Магнитная активно принимала участие в восстании Пугачёва. В связи с продвижением Пугачёва, гарнизон станицы Магнитной был усилен, по сведениям коменданта Верхнеяицкой крепости полковника Ступишина, в то время в крепости находилось восемь чугунных и медных трёхфунтовых пушек, а также, 147 снарядов с картечью и 668 снарядов с ядрами.

Взять крепость с ходу не удалось. В четырёхдневный период с 19 по 23 апреля 1774 года, восставшие атаковали крепость, однако атаки не увенчались успехом.

5 мая 1774 года войска мятежников вновь подошли к крепости, руководил ими сам Емельян Пугачёв, который предложил гарнизону сдаться, ответом ему послужил залп из пушек. Повстанцы пошли на штурм крепости, но атака была отбита, а пугачёвцы понесли значительные потери. Попытки со стороны войска Пугачёва на этом не заканчивались, так, 6 мая в 3 часа ночи войска Пугачёва ворвались в крепость. В качестве трофеев повстанцам досталось всё оружие, которое было в крепости.

18 мая крепость заняли правительственные войска, под началом генерала Сергея Станиславского. Все сражавшиеся на стороне Пугачёва были наказаны. Без наказания не остались и сами жители крепости Магнитной, кого-то из них заковали в цепи и отправили в Верхнеяицкую крепость (сейчас Верхнеуральск), других же выпороли плетьми.

Стоит отметить тот факт, что местность была более чем пригодной для строительства металлургических заводов, так как была богата огромными залежами железной руды. Так в середине XVIII века появляются первые заводы на территории будущего Магнитогорска, который будет основан лишь в 1929 году. Примерно за 64 года до основания города, в 1865 году пограничную линию (крепость Магнитная) расформируют, на её месте окажется посёлок Магнитный, который станет центром казачьей станицы, состоящей примерно из десяти поселков.

Как видно из вышесказанного, крепость Магнитная сумела поучаствовать в важных для истории Урала событиях. С момента её основания в 1743 году началась история города Магнитогорска.