В 1713 году атаман Фома Тимофеевич Сибиряков и есаул Гаврила Лукьянович Шугай собрали 14 казаков из Яицкого городка (ныне г. Уральск) и выдвинулись на место немного выше слияния рек Сакмара и Яик. Здесь, на правом берегу Сакмары они основали поселение с названием Сакмарск. В 1720 г. отряд казаков выбрал место ниже по течению. Здесь, объединившись с исетскими казаками атамана Ивана Гореванова, общими усилиями была возведена крепость с названием Сакмарск. В центре укрепления располагались смотровая вышка и рубленная деревянная церковь. Все казаки относились к старообрядцам. Сход сакмарских казаков обратился к Императрице с просьбой о включении в служилое казачье сословие и строительстве Сакмарской крепости.

Летом 1724 года в челобитной, поданной атаманом Василием Араповым, который считается основателем села, в Военную коллегию Сената, он просил о позволении ему и другим казакам «на устье реки Сакмары, близь башкирцев поселение иметь и крепость строить, проезды чинить и крепкие караулы держать». При этом Арапов просил предоставить для отпора от оных неприятелей «четыре пушки и к ним ядра и порох». Указом от 4 июня 1725 года Военная коллегия разрешила Арапову получить из Москвы 5 чугунных пушек, ядра, порох к ним. В грамоте об основании крепости, выданной императрицей Екатериной I атаману Василию Арапову 19 июня 1725 года, предписано: «Дабы уберечь Россию от нападения и разорения соорудить крепость оную на реке Сакмаре и вооружить её пушками чугунными да ядрами. А посему повелеваю, чтоб крепость была построена».

На холме, называемом «Могильной горой», была возведена крепость, ограждённая рвом, деревянным заплотом с проездными воротами, возле которых стояли пушки. Внутри укрепления находилась вышка, дом атамана, где собирались казаки для принятия важных решений, и улицы казачьих изб. Деревянный храм в селе постройки 1733 года был освящён в 1751 году в честь Казанской иконы Божией Матери. Казаки из Сакмары участвовали в шведском походе Петра I, в турецкой войне 1735–1739 гг., в Семилетней войне с Пруссией 1756—1763 гг., в походах на Хиву, в усмирении бунтовавших башкир. В 1760 году в селе случился большой пожар — почти все деревянные постройки, включая церковь, сгорели. Казаки в это время находились в берлинской экспедиции (шла Семилетняя война), поэтому пожар остановить было некому. Село стали отстраивать заново.

В 1773 году Федор Полунин в своей книге «Географический лексикон российского государства или словарь описующий по азбучному порядку, реки, озера, моря, горы, города, крепости, знатные монастыри, остроги… и т.д.» писал о Сакмарске: «Сей городок лежит на высоком мысу, которой с двух сторон неприступен, и никакого укрепления не требует, а где надлежит иметь деревянное укрепление и артиллерию. Оный заселен еще лет 30 прежде города Оренбурга охотниками из Яицкого корпуса, может быть в рассуждении тамошних весьма хлебородных и лесом достаточных против Яицкого городка мест. Отселе до Яицкого городка считается 298 верст. В нем по последней переписи находится казаков российских 200, да из иноверцев до 50 человек, которые имеют своего атамана и старшин. Службы они общий с Яицким войском за отдаленностью не служат, а употребляют к разным делам и нарядам по Оренбургу. Содержание свое имеют по удобным к пашни местам от хлебопашества, и имея в близости лес, оной в Оренбурге сплавляют, а особливо весной на заводы медных руд промышляют. В семи верстах от сего городка за рекою Сакмарою по дороге к Оренбургу есть гора не малой высоты, называемая Гребень, и состоящая из известного камня, где с начала Оренбурга и поныне известь жгут, и для архитектурных украшений вырубают камни такой величины, какие кому надобны». К началу Крестьянской войны 1773—1775 гг. под предводительством Емельяна Пугачева Сакмарский городок являлся крупным для того времени населенным пунктом. Он состоял из двух частей — Нового и Старого городка (он находился на высоком мысу правого берега Сакмары и имел деревянное укрепление и пушки). В обоих городках насчитывалось свыше 150 дворов и 250 служивых казаков. Вести о крестьянском восстании быстро дошли до жителей Сакмарска. Они подтвердились приказом Оренбургского Губернатора генерала-поручика И.А. Рейнсдорпа, по которому атаману Даниле Донскому предписывалось отправить сто двадцать казаков для несения сторожевой службы. Остальному населению предлагалось уйти в Красногорскую крепость. Однако жители городка не позволили разрушать мост через реку Сакмару и остались дома.

Находясь в Сеитовой слободе, Пугачев попытался пополнить свое войско казаками Сакмарского городка. Пугачевский секретарь Почиталин написал именной указ Пугачева к Сакмарскому казачьему атаману Донскому и казакам и направил его в Сакмарск с яицкими казаками М.Г. Шигаевым и П. Митрясовым.  Собрав казачий круг, они объявили, что прибыли с указом от государя Петра Федоровича и велели зачитать его местному священнику И. Михайлову. Однако священник возразил, что указ недействителен, так как государь давно скончался. Пугачевские посланцы на это «со свирепостью» кричали «Врешь, батька! Он жив, а вместо его погребен вить другой». Таким образом посланцы Пугачева смогли переубедить местных казаков.

2 октября жители Сакмарского городка торжественно встретили Пугачева и приняли присягу. Вскоре Пугачев направил коменданту Красногорской крепости капитану Б.С. Уланову, всем Сакмарским казакам и населению крепости указ, в котором призывал казаков служить новому царю верой и правдой, за что обещал жаловать «крестом и бородою, рекою и землею, травами и морями, и денежным жалованьем, и хлебным провиантом, и свинцом, и порохом, и вечной вольностью». Впоследствии сакмарские казаки активно участвовали в крестьянской войне. На допросах Пугачев показывал, что они были при нем неотлучно.